L'attuale capitale della NWFP venne fondata circa 2500 anni fa ed anche Erodoto ne avrebbe parlato indicandola come Kaspaturos. La città seguì le vicende dei questa parte del subcontinente. Nel 2<198> secolo d.C, a trenta chilometri dall'attuale Peshawar venne la cittadina di Pushkalavati (oggi Charsadda) divenne capitale invernale della dinasta kushanide che abbandonò Gandhara, mentre la capitale estiva fu posta a Kapisa, a nord di Kabul (Afganistan). Da queste due città i sovrani Kushan governarono ancora per quattrocento anni il loro impero e fu in questo periodo che Peshawar crebbe di importanza poiché era luogo di transito obbligato fra le due capitali.

Secondo una leggenda il re Kanishka si convertì al buddismo osservando un ragazzino intento a modellare uno stupa con dello sterco di vacca. Sul luogo, chiamato Shah-ji-ki-Dheri, il re slevò uno stupa alto 189 metri con 25 dischi dorati.

Scomparso il buddismo sotto le ondate delle invasioni e caduti vari imperi, Peshawar viene occupata da Mahmud di Ghazan nell'11<198> secolo e divenne una città islamica di poca importanza fino all'avvento della dinastia dei Moghul nel 16<198> secolo. L'imperatore Babur ricostruì il forte nel 1530 e suo figlio Akbar contruibuì a ridare importanza a Peshawar facendola attraversare dalla Grand Trunk Road. Nel 1818 l'esercito di Ranjiit Singh  conquistò Peshawar annettendola al dominio dei Sikh. Le truppe erano guidate dal generale Avitabile (traslato in Abu Tabela), un ex-ufficiale napoleonico d'origine napoletana, che assieme al modenese Ventura era arrivato in India in cerca di fortuna. Dopo l'assedio mise a ferro e a fuoco alcuni quartieri, abbattè i secolari alberi dei numerosi giardini facendone legna da ardere, distrusse i giardini di Shalimar ed il magnifico forte. In trent'anni di dominazione Sikh la popolazione della città si ridusse quasi alla metà.

Nel 1849 gli Inglesi si sostituirono ai Sikh nel controllo della città che venne annessa al raj britannico. Numerosi reggimenti erano di stanza a Peshawar per difendere la NWFP considerata una delle regioni dell'India dove il fanatismo religioso si univa ad una ancestrale predisposizione per la guerra ed il brigantaggio. Per tutta il secolo scorso le truppe britanniche intrapresero continue campagne con le bellicose tribù pathan della zona, in verità senza risultati positivi. La fierezza e la volontà dei combattenti, la loro ottima conoscenza dei luoghi, la passione per la libertà, favorivano la guerriglia. Formalmente fino a pochi anni fa le zone tribali lungo il confine afghano, sono state amministrate indirettamente dal governo di Islamabad, tramite dei capi locali, i jirga, sotto la supervisione di agenti politici, come ai tempi della colonia.